Черепашки ниндзя — вымышленная команда из четырёх черепах-мутантов, которые обучаются искусству ниндзюцу со своим сэнсэем, крысой-мутантом, мастером Сплинтером. Устроив свою базу в канализации Нью-Йорка, они сражаются со злом на улицах города.
Город нуждается в героях. Тьма окутала Нью-Йорк в виде Шреддера и его зловещего Клана Футов, у которого имеется железный контроль над всеми, от полицейских до политиков. Будущее выглядит мрачным, пока из канализации не поднимается и не раскрывает своё предназначение четвёрка отверженных братьев — Черепашки-ниндзя. Черепашки должны работать вместе с бесстрашным репортёром Эйприл и её саркастическим оператором Верном Фенвиком, чтобы спасти город и разгадать дьявольский план Шреддера.
На улицах Нью-Йорка растет преступность, но вдруг появляются четверо странных существ, спасающих тех, кто нуждается в помощи. Это 15-летние подростки-мутанты, черепашки-ниндзя! Их наставник, крыса-переросток Сплинтер, был когда-то человеком Хамато Йоши, главой клана ниндзя. В результате цепи событий, приведшей к мутации черепашек и Хамато, на улицах мегаполиса появляется ловкая команда тех, кто выступает на стороне добра и справедливости. Их главная цель – одолеть старого врага Сплинтера Ороку Саки по прозвищу Шреддер и инопланетянина Кренга, существо в виде мозга с щупальцами, покорившего галактику в измерении X.
Долгое время черепашки-ниндзя скрывались от людей в лабиринтах городской канализации. На протяжении нескольких лет учитель Сплинтер обучал их боевым искусствам и прививал им чувство справедливости. В один прекрасный момент им пришлось подняться наверх, чтобы спасти Нью-Йорк от Шредера, предводителя Клана Футов, захватившего власть в Нью-Йорке. Вместе с отважным репортером Эйприл и ее оператором Верном, бесстрашные воины смогли одержать победу и очистить любимый город от преступности. Леонардо, Микеланджело, Рафаэль и Донателло нашли свое предназначение в этом мире и стали защитниками своего города. Они навели порядок в Нью-Йорке и с чистой совестью могли отправиться на покой, но однажды им вновь пришлось столкнуться с могущественным врагом, угрожающим их городу…
